Lyra es una huérfana que vive en un universo paralelo en el que la ciencia, la teología y la magia están entrelazadas. La búsqueda de Lyra de una amiga secuestrada descubre una trama siniestra que involucra a niños robados, y se convierte en una búsqueda para comprender un misterioso fenómeno llamado Dust. Más tarde se le unirá en su viaje Will, un niño que posee un cuchillo que puede cortar ventanas entre mundos. Mientras Lyra se entera de la verdad sobre sus padres y su destino profetizado, los dos jóvenes se ven envueltos en una guerra contra los poderes celestiales que se extiende por muchos mundos.
